Расскажу, как я поняла из собственного опыта (так как никаких конкретных объяснений пока не было).
В УМК есть сборники "Диагностика метапредметных и личностных результатов..." для 1, 2 и 3-4 классов. В каждом сборнике есть ключи для оценивания работ. Так вот в этих ключах около каждого задания подписано, какое умение оно проверяет и сколько баллов нужно ставить за выполнение этого задания.
В "Журнале "Школа 2100" вы открываете вкладку "Журнал метапредметныых и личностных результатов". Ниже располагаются 4 заголовка: Личностные, регулятивные, комм. и позн. результаты. Выбираете то, что хотите заполнить (опять же руководствуясь ключами). Выставляете те баллы, которые набрал ребенок.
Когда вы откроете нужный раздел, вы видите, что там выделены столбцы и в каждом из них выставляется балл за определенное умение. Какие баллы куда ставить, смотрите по ключам.
Лично мне раньше было непонятно, почему можно выставить аж 11 баллов за задание. Оказалось, что в работах за 3-4 класс есть задания, за которые можно получить до 8 баллов.
Надеюсь, что ответила на ваш вопрос.

Единственное, что мне самой непонятно, почему баллы выставляются в этих таблицах в виде процентов...

Большое спасибо, уважаемая Ксения!
Вы все правильно поняли по занесению результатов диагностики в таблицу. Извините, что не смогли это внятно объяснить.
По поводу процентов. Почему в таблице заносить результаты именно в них, а не в баллах? Для того, чтобы можно было сопоставлять результаты между собой. Как вы справедливо заметили, за разные задания можно получить разное количество баллов. Это связано с тем, сколько правильных шагов мы можем зафиксировать в ходе выполнение задания. Условно какждый шаг - это один балл. Если задание решается в два шага, то можно заработать 0, 1 или 2 балла. Если задание решается в 8 шагов, то до 8 баллов. При этом каждый шаг по сути показывает определенную долю правильности внутри задания, но при этом большее число баллов вовсе не обязательно означает большую сложность. Задания одного уровня сложности иногда чисто технически невозможно сделать из одинакового числа шагов. Тогда как же их сравнивать между собой, если оставить только баллы. Получится, что у вас в графе "определять какой информации не хватает" стоит максимально число баллов - 2, а в графе "сравнивать" - только половина от максимально числа баллов - 3 из 6 баллов. Если вы видите в графе только баллы "2" за "информацию" и "3" за "сравнение", то у все возникает ощущение, что сравнивать данный человек умеет лучше, чем определять недостающую информацию. А это как раз наоборот! Для этого и переводим баллы в проценты, чтобы ПОКАЗАТЬ ДОЛЮ ПРАВИЛЬНОСТИ, УСПЕШНОСТИ В РЕШЕНИИ ЗАДАНИЯ. Тогда получается, что "определение недостающей информации" - 100% (полностью правильно), а "сравнение" - 50% (наполовину правильно).
Вот откуда взялись проценты.

С уважением
Дмитрий Данилов

Ксения, специально для облегчения обработки заданий метапредметных контрольных, проведенных в бумажных тетрадях "Школа 2100", мы сделали в нашей программе соответствующий сервис. Он избавляет учителя от необходимости считать не только проценты, но и баллы.
Нужно просто вбить ответы учеников в специальные формы и результаты будут подсчитаны, выставлены в метапредметный Журнал и сформированы в отчет автоматически. Сервис доступен в версии 1.2 (вкладка Контрольные работы, где нужно выбрать подраздел Отметки за бумажные контрольные).
Надеемся, что это будет гораздо удобнее, чем в MS Excel.
Пишите о впечатлениях. :)

Уважаемые Дмитрий и Ксения. Спасибо за ваши инструкции. Мы работаем и с платформой и со сборниками "Диагностика метапредметных и личностных результатов..."! По текущим и итоговым работам все было понятно. А в таблицах диагностики понятно не все! С процентами мы разобрались сразу, проработав ключи. Не все столбцы таблицы можем соотнести с заданиями! Например, в интегрированной работе для 1 класса для диагностики регулятивных УУД отводится 3 задания, а в таблице им соответствуют 6 колонок, как распределить проценты? Та же ситуация с работами для 2 класса. Непонятно, где брать общероссийский рейтинг, и что такое Н=0, Н=2.